Marta Rodríguez nace en la ciudad de Bogotá en el año de 1933, realiza estudios de secundaria en el colegio María Auxiliadora de Bogotá. Al terminar sus estudios en 1951 decide viajar a Barcelona con la intención de estudiar filosofía, pero estando ahí, cambia su decisión e ingresa a la facultad de sociología. En 1957 viaja a París y se dedica entre otras cosas a ver cine y hace contacto con los círculos obreros que atienden a los trabajadores españoles que debido a la situación política que vive su país se ven en la obligación de emigrar a Francia y a Bélgica.
Un año más tarde regresa a Colombia e ingresa a la recién creada Facultad de Sociología de la Universidad Nacional, donde conoce al sacerdote Camilo Torres, con él desarrolla trabajos de campo en Tunjuelito, suburbio deprimido del sur de Bogotá. Esta vivencia, de realidades sociales tan dramáticas hacen que decida estudiar antropología y en 1961 viaja de nuevo a París, donde se dedica a estudiar cine y etnología. Conoce al documentalista francés Jean Rouche, de quien recibe gran influencia y de la corriente del llamado Cinema Verité, que él impulsa «Un cine que utiliza el artificio cinematográfico, sin violentar la vida de la gente y sus actividades (… ) un ojo observador que participa de la vida de ellos» .
Regresa nuevamente a Colombia en 1965 y reanuda sus estudios de antropología y conoce al fotógrafo Jorge Silva, con quien realiza la película Chircales (1967-1972), documental sobre una familia que elabora ladrillos de manera artesanal y en las peores condiciones de explotación laboral y social. En 1972 ambos viajan a los llanos orientales ante las noticias de masacres y torturas de que son objeto los indígenas guahibos por parte de los colonos, y realizan Planas, testimonio de un etnocidio en 1972, documental de denuncia, premiado en el Festival de Cine de Cartagena. Con el premio terminan la posproducción de Chircales, cuya nueva versión comparte con Planas, testimonio de un etnocidio la Paloma de Oro en Leipzig, Alemania en 1972. Chircales es también premiada en 1973 en los Festivales de cine de Oberhausen, Alemania; Tampere, Finlandia y Cartagena, Colombia, y en el 1976 en México; y los derechos de exhibición son adquiridos por las televisiones de varios países entre ellos: Suecia, Holanda, Noruega, Finlandia y Alemania, cuyas regalías les permiten adquirir sus propios equipos.
En 1976 terminan la producción de Campesinos, y realizan en 1980 La voz de los sobrevivientes, documental sobre líderes asesinados, también es una denuncia ante Amnistía Internacional de cómo la recuperación de tierras les ha costado la vida de los líderes indígenas. En 1982 finalizan Nuestra voz de tierra memoria y futuro, premiada ese mismo año en los festivales de cine de Cartagena, Huelva y Berlín y en 1986 en México.
Otros de sus trabajos en cine son Nacer de nuevo en 1987, sobre una pareja de ancianos sobrevivientes de la tragedia de Armero, premiado ese mismo año en Leipzig, Alemania y en 1988 en los festivales de Cartagena, Colombia y Oberhausen, Alemania; y en 1989 Amor mujeres y flores, acerca de las condiciones en que son explotadas las operarias de los cultivos de flores en la sabana de Bogotá. Estos dos filmes son terminados por Marta debido al fallecimiento de Jorge Silva en enero de 1987. Amor mujeres y flores es premiada en D´Aurillac, Francia en 1989; en San Francisco, Estados Unidos; Mannheim y Friburgo, en Alemania y en Bogotá en 1990.
Profundiza los vínculos con las comunidades oprimidas, en especial las indígenas a través de talleres y prácticas conjuntas. Estos talleres en video son auspiciados por la Unesco, dando como resultado la creación del manual A nuevas tecnologías, nuevas identidades; participa de los desarrollos que en el mismo sentido se llevan a cabo en México, Bolivia y Brasil, hace parte de la conmemoración de los quinientos años de la conquista de América y realiza con el documentalista boliviano Iván Sanjinés Memoria viva en 1992.
Con su hijo Lucas Silva realiza en 1998 Amapola, la flor maldita, en 1999 Los hijos del trueno, sobre la incidencia de los cultivos ilícitos en la cultura de los indígenas del Cauca, y en el 2002 La hoja sagrada, sobre el cultivo de la hoja de coca.
Con Fernando Restrepo dirige en el 2001 Nunca más, en el 2004 Una casa sola se vence y en el 2006 Soraya, amor no es olvido, documentales acerca del drama vivido desde mediados de los años noventa por las comunidades afrocolombianas del Urabá chocoano y antioqueño, desplazadas violentamente de sus regiones por los actores armados que actúan en Colombia: guerrilla, paramilitares y ejército.
Su obra ha sido objeto de varias retrospectivas en Europa: 100% Colombia Documental, en Paris, Francia en el 2005; Imago en Barcelona, España en el 2007; invitada de Honor al 50-DOK Leipzig en Alemania en el 2007. Ha sido también merecedora de incontables premios en Festivales Nacionales e Internacionales de Cine al ser una de las pioneras del cine documental en Colombia y en América Latina.